どわ～、Ｙｏｓｈｉさんがエラいことに…。
私もWin2k使いなのですが、症状からするとプロファイルディレクトリあたりに不具合があるかと。
HDDに異常がなくても、C:\Documents and Settings以下に存在するユーザープロファイル群、とくにレジストリハイブがブッ壊れていると読み込みに時間がかかったり、応答しなくなることがあります。
残念ながらディスクデフラグでもユーザープロファイルのレジストリハイブまでは面倒みてくれないんですよね～。
たぶん、自動ログオンにしてるかと思いますが、セーフモードで起動できるなら自動ログオンを解除して別のユーザーでログオンするか、新規の管理ユーザーを作成してみてもいいかと。