自分なりにちょっと調べました。ご存知かもしれませんが載せてみますね。
・猫クラミジア
>>結膜炎は体力のある猫なら2～6週間で治癒しますが、慢性化したり、キャリア化（症状はないが病原体を排出する猫）することも多いそうです。
【治 療】
有効な抗生物質があり、点眼や点鼻で投与するか、全身投与します。
重度の場合は、輸液療法や点滴で栄養補給します。食餌療法も必要な場合もあります。
抗生物質の投与は、症状が消えてからも、クラミジアを完全に消滅させるには14日以上（2～3週間）は継続投与しないと、再発したりキャリア化することがあります。
また、再感染を防ぐため、塩素系洗剤で念入りに消毒も行います。
とありました。飼い主様、忙しくてとても大変かと思われます。ご苦労様です。
やはり母猫がかかってしまうと子猫達にもうつってしまうみたいですね。
今回で全部完璧に治りますよう、再発しないように、本当に大変かと思いますが頑張ってください。
でもご飯を食べてくれているので少しは体力はあると思います。
吐いてしまったのはお薬が強すぎるせいもあるかもしれません。
根気よく、症状を悪化させないように注意してみてください。
何もお力になれなくてすみません。
頑張ってください！！