>>3464>仔猫を探して鳴いてしまってご近所に迷惑かなとか…；
これについては、やってみないと誰も分かりません。
猫には、仔猫と離されて寂しがるとか、そういった人間的な感情はあまりないのが普通です。
仔猫の週齢から、仔猫は親から離して大丈夫だと思いますので、あとは
3464さんがいかにして割り切れるかがネックかもしれません。
あと、母猫ですが、完全に室内で飼えないというのは、最後まで責任を持って面倒を見られないと言うことです。
猫にとって、完全に室内で過ごすことはかならずしも不幸なことではありません。
3468さんの仰るとおり、しばらくすれば今の家を新しい縄張りとして認識して
順応してくれる可能性もあります。
中途半端に面倒を見るのは、3464さんや近所の方にも迷惑がかかる可能性もあります。
母猫にも完全室内飼いのできる里親を捜すか、体調が回復し次第リリースするか、
もしくは出入りさせずに室内で飼うか、どれかの道を探すのが適当と思われます。