>>3464お悩みのポイントや「どうしたいのか」が不鮮明なのでお答えし難いですが、いずれにしろ保護活動ご苦労様です。
子猫に関しては、普通のフードが自力で食べられて排泄もできるなら親から離しても構わないでしょう。
できれば生後２ヶ月程度までは親と一緒のほうが性格形成などに良いのですが、親が捕獲されてパニくっていると、小動物の本能として子殺しも考えられますので別々のほうがいいかも。
今後の飼育に関しては、できれば今時は完全室内飼いのほうが色々の面で好ましいのですが、飼い主さんのご事情もありますね。
もし室内で飼えるなら、最初は外に出たがりますけど、別に必ず出なければいけない生き物でもありません。
今まで持っていたナワバリを維持したいだけなので、ともかく出さないように徹底すれば、そのうち室内だけのナワバリになったと認識しなおすので大丈夫です。
中途半端に出すのはやめたほうがいいです。